中国科学院沈阳应用生态研究所(前身中国科学院林业土壤研究所)成立于1954年，是以林业、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的综合性的应用生态学研究机构。现有高级科技人员176人，其中正高级专业技术人员74人，国家“千人计划”2人，973首席科学家4人，国家杰出青年基金获得者3人，中科院“百人计划”11人。

该所瞄准国家重大需求和国际学科前沿，以应用生态学为主攻学科，以实验生态学方法和现代生物技术、信息技术为主要手段，主要围绕森林生态系统格局与过程、森林植被恢复与环境效应、农田生态系统物质循环与调控、微生物资源与生物技术、污染生态过程与生态毒理、土壤环境与生态修复及区域生态安全与可持续发展等研究方向开展研究工作。为保障区域生态安全和可持续发展，实现人与自然的和谐提供科学基础、决策依据和关键技术，在国家应用生态学科技创新体系中发挥引领作用。

研究所下设森林与土壤生态国家重点实验室、中国科学院污染生态与环境工程重点实验室、辽宁省陆地生态过程与生态安全重点实验室等8个国家及省部级重点实验室，拥有3个国家级生态实验站。