2024年10月6日，哈尔滨工程大学与南通市人民政府签约共建哈尔滨工程大学长三角高等研究院，该研究院是集教育、科技、人才、产业创新于一体的高能级产教融合创新基地，是哈尔滨工程大学落实“开放办学，提质增效”办学思想以及主动服务长三角船海产业转型升级的一项重要举措。
长三角高等研究院围绕国家建设海洋强国的战略部署，坚持“国家所需，学校所为”，着力打造高端船舶海工高技术成果转化基地、高层次人才汇聚基地、核心科技攻关创新基地、战略前沿技术储备基地、国际合作交流基地。
展望未来，长三角高等研究院将发挥哈尔滨工程大学在船舶海工、海洋开发等学科优势、技术优势、人才优势，锚定“船海产业技术创新平台、卓越工程师培养重要载体、科研成果转化桥头堡”三大定位，立足长三角地区产业一线，推动船海装备科技创新与产业创新深度融合，持续推进校地、校企、校际间协同创新，建制化、成体系服务国家战略需求。