中国科学院水生生物研究所是国内唯一专门从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术机构。水生所战略定位和发展目标是面向国家在水生态环境保护、水生生物资源利用等方面的重大战略需求，开展基础性、战略性和前瞻性重大科技问题，着力重大理论创新和核心技术突破，在淡水生态环境保护、水生生物多样性形成与适应性演化机制、水生生物资源保护、鱼类基础生物学和遗传育种理论与技术、淡水渔业模式和微藻生物技术等领域继续发挥引领作用。
水生所先后拥有15位中国科学院院士。截至2024年12月底，全所共有在岗职工422人，其中科技人员369人，中国科学院院士5人，发展中国家科学院院士3人，研究员及正高职称人员89人，副研究员及副高职称人员107人。在站博士后126人，在读研究生790人。现拥有淡水生态与生物技术国家重点实验室（水产品种创制与高效养殖全国重点实验室、湖泊与流域水安全全国重点实验室）、国家淡水渔业工程技术研究中心、国家水生生物种质资源库湖泊水污染治理与生态修复技术国家工程实验室、湖北东湖湖泊生态系统国家野外科学观测站等6个国家级平台，有9个省部级实验室及研究中心，5个国家及省部级野外台站等多个支撑平台。