中国船舶集团有限公司系统工程研究院(原船舶系统工程部)成立于1970年，是我国最早以“系统工程”命名，并将系统工程理论和方法应用于海军装备建设的军工科研单位。
系统工程研究院坚持“以建设强大海军，服务国家为己任”，始终站在海军舰船装备发展前沿，历经“一次转型两次跨越和一次探索”，发展成为面向海军装备体系、以系统集成为主业，覆盖“体系顶层研究、系统综合集成、核心设备研制”三个层次的骨干军工科研单位。五十余年来，承担多项国家重大工程任务，完成了多型舰艇千余台套系统和设备的供货，为海军装备现代化建设作出了突出贡献。同时，与中船电子科技有限公司实行一体化管理，聚焦海洋电子、应急医疗、智能装备与服务三大优势方向，推动军工能力支撑与细分产业发展双向定位，形成北京、上海、西安、无锡、苏州、舟山、三亚多地布局的子公司产业化力量，助力院、电科高质量发展。设有博士后工作站和水声工程硕士学位点。