南京水利科学研究院建于1935年，是我国最早成立的综合性水利、交通、能源科学研究机构，2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源等领域中具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务。与水利部大坝安全管理中心（水利部水闸安全管理中心）一体化管理，兼作水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部水文仪器及岩土工程仪器质量监督检验测试中心、水利部大坝安全监测中心。现设13个研究机构和南京瑞迪科技集团等研发机构。建有水灾害防御全国重点实验室、国家级水科学与水工程国际联合研究中心，以及14个部省级重点实验室、技术研发中心、工程技术研究中心、观测研究站。设有水利工程、土木工程一级学科博士点和硕士点，材料科学与工程、环境科学与工程一级学科硕士点，土木水利博士、硕士专业学位点，设有水利工程博士后科研流动站。